Materiał genetyczny był pobrany w sumie od kilkuset psów (około trzydziestu parę podhalanów) ,pobierano włos z cebulką,co było bardzo ważne bo badano materiał jądrowy,nie mitochondrialny.Dużo próbek,które dostali były bezużyteczne np były to włosy wycięte lub wyczesane i równocześnie martwe.
Po zbadaniu kilku loci wnioski były takie ,że genetycznie podhalan jest blisko spokrewniony z czuwaczem,ale jednak różni się genetycznie,a w stosunku do czuwacza i kuvasza genetycznie różni się bardzo.Brano jeszcze pod uwagę pirenejskiego psa górskiego i akbasza i wnioski były podobne-genetycznie nie spokrewnione.